Reaching a modular, domain-agnostic and containerized development in biomedical Natural Language Processing systems.

The last century saw an exponential increase in scientific publications in the biomedical domain. Despite the potential value of this knowledge; most of this data is only available as unstructured textual literature, which have limited their systematic access, use and exploitation. This limitation can be avoided, or at least mitigated, by relying on text mining techniques to automatically extract relevant data and structure it from textual documents. A significant challenge for scientific software applications, including Natural Language Processing (NLP) systems, consists in providing facilities to share, distribute and run such systems in a simple and convenient way. Software containers can host their own dependencies and auxiliary programs, isolating them from the execution environment. In addition, a workflow manager can be used for the automated orchestration and execution of the text mining pipelines. Our work is focused in the study and design of new techniques and approaches to construct, develop, validate and deploy NLP components and workflows with sufficient genericity, scalability and interoperability allowing their use and instantiation across different domains. The results and techniques acquired will be applied in two main uses cases: the detection of relevant information from preclinical toxicological reports, under the eTRANSAFE project [1]; and the indexation of biomaterials publications with relevant concepts as part as the DEBBIE project

Componente genérico de auditoría para monitorear cambios en el modelo de objetos

En las aplicaciones de software que manejan información crítica, la seguridad y la auditoría de la misma es un requerimiento obligatorio a la hora de realizar el desarrollo de software. Dentro de este contexto se encuentra, entre otros conceptos, la integridad, la confiabilidad y el monitoreo de la información. Es de interés de esta tesina abordar las cuestiones relacionadas al monitoreo sobre los datos del sistema. Este monitoreo o auditoría busca dejar asentadas las modificaciones que se realizaron, el usuario que las realizó y las fechas en qué ocurrieron. Una manipulación errónea en la información puede ocasionar resultados graves para el negocio. Debe ser posible detectar al responsable y el momento exacto en que ocurrió la inconsistencia que dejo a la información en un estado incorrecto para analizar las causas y tomar acciones correctivas. El objetivo de la tesina es diseñar y desarrollar una librería de aspectos JAVA genérica que audite altas, bajas y actualizaciones de las entidades del modelo de dominio. El marco teórico, está basado en el estándar ISO/IEC 27001, el cual, a través de sus normas, especifica los requisitos y buenas prácticas necesarios para establecer la seguridad de la información en una organización.Facultad de Informátic

Componente genérico de auditoría para monitorear cambios en el modelo de objetos

En las aplicaciones de software que manejan información crítica, la seguridad y la auditoría de la misma es un requerimiento obligatorio a la hora de realizar el desarrollo de software. Dentro de este contexto se encuentra, entre otros conceptos, la integridad, la confiabilidad y el monitoreo de la información. Es de interés de esta tesina abordar las cuestiones relacionadas al monitoreo sobre los datos del sistema. Este monitoreo o auditoría busca dejar asentadas las modificaciones que se realizaron, el usuario que las realizó y las fechas en que ocurrieron. Una manipulación errónea en la información puede ocasionar resultados graves para el negocio. Debe ser posible detectar al responsable y el momento exacto en que ocurrió la inconsistencia que dejó a la información en un estado incorrecto para analizar las causas y tomar acciones correctivas. El objetivo de la tesina es diseñar y desarrollar una librería de aspectos JAVA genérica que audite altas, bajas y actualizaciones de las entidades del modelo de dominio. El marco teórico, está basado en el estándar ISO/IEC 27001, el cual, a través de sus normas, especifica los requisitos y buenas prácticas necesarios para establecer la seguridad de la información en una organización.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativ

Componente genérico de auditoría para monitorear cambios en el modelo de objetos

En las aplicaciones de software que manejan información crítica, la seguridad y la auditoría de la misma es un requerimiento obligatorio a la hora de realizar el desarrollo de software. Dentro de este contexto se encuentra, entre otros conceptos, la integridad, la confiabilidad y el monitoreo de la información. Es de interés de esta tesina abordar las cuestiones relacionadas al monitoreo sobre los datos del sistema. Este monitoreo o auditoría busca dejar asentadas las modificaciones que se realizaron, el usuario que las realizó y las fechas en qué ocurrieron. Una manipulación errónea en la información puede ocasionar resultados graves para el negocio. Debe ser posible detectar al responsable y el momento exacto en que ocurrió la inconsistencia que dejo a la información en un estado incorrecto para analizar las causas y tomar acciones correctivas. El objetivo de la tesina es diseñar y desarrollar una librería de aspectos JAVA genérica que audite altas, bajas y actualizaciones de las entidades del modelo de dominio. El marco teórico, está basado en el estándar ISO/IEC 27001, el cual, a través de sus normas, especifica los requisitos y buenas prácticas necesarios para establecer la seguridad de la información en una organización.Facultad de Informátic

Componente genérico de auditoría para monitorear cambios en el modelo de objetos

En las aplicaciones de software que manejan información crítica, la seguridad y la auditoría de la misma es un requerimiento obligatorio a la hora de realizar el desarrollo de software. Dentro de este contexto se encuentra, entre otros conceptos, la integridad, la confiabilidad y el monitoreo de la información. Es de interés de esta tesina abordar las cuestiones relacionadas al monitoreo sobre los datos del sistema. Este monitoreo o auditoría busca dejar asentadas las modificaciones que se realizaron, el usuario que las realizó y las fechas en qué ocurrieron. Una manipulación errónea en la información puede ocasionar resultados graves para el negocio. Debe ser posible detectar al responsable y el momento exacto en que ocurrió la inconsistencia que dejo a la información en un estado incorrecto para analizar las causas y tomar acciones correctivas. El objetivo de la tesina es diseñar y desarrollar una librería de aspectos JAVA genérica que audite altas, bajas y actualizaciones de las entidades del modelo de dominio. El marco teórico, está basado en el estándar ISO/IEC 27001, el cual, a través de sus normas, especifica los requisitos y buenas prácticas necesarios para establecer la seguridad de la información en una organización.Facultad de Informátic

The eTRANSAFE project on translational safety assessment through integrative knowledge management: achievements and perspectives

eTRANSAFE is a research project funded within the Innovative Medicines Initiative (IMI), which aims at developing integrated databases and computational tools (the eTRANSAFE ToxHub) that support the translational safety assessment of new drugs by using legacy data provided by the pharmaceutical companies that participate in the project. The project objectives include the development of databases containing preclinical and clinical data, computational systems for translational analysis including tools for data query, analysis and visualization, as well as computational models to explain and predict drug safety events.This research received funding from the Innovative Medicines Initiative 2 Joint Undertaking under grant agreements eTRANSAFE (777365). This Joint Undertaking receives support from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme and EFPIA companies in kind contribution